Kolejnym miejscem uwięzienia ks. Jana Machy był Areszt Śledczy w Mysłowicach, gdzie przebywał od listopada 1941 r. do czerwca 1942 r.
W czerwcu 1942 r., kiedy zbliżał się termin jego procesu przed Wyższym Sądem Krajowym w Katowicach został przeniesiony do więzienia w Katowicach, gdzie oczekiwał na proces, a później na wykonanie wyroku.
Dom rodzinny ks. Jana Machy w Chorzowie Starym przy ul. Bożogrobców 44.
3 grudnia 1942 r. krótko po północy ks. Jan Macha został ścięty na gilotynie w katowickim więzieniu. Odprowadzający go na śmierć przez podwórko więzienne kapelan więzienny ks. Joachim Besler zanotował „ podniósł po raz ostatni oczy ku niebu gwiaździstym i znikł w drzwiach kaźni śmierci”. Obecnie gilotyna jest eksponowana na wystawie w Muzeum Śląskim w Katowicach.
Symboliczna mogiła ks. Jana Machy powstała w 1951 r. na cmentarzu w Chorzowie Starym z inicjatywy jego przyjaciół kapłanów. W czasie uroczystości ks. kanonik Augustyn Koźlik powiedział m.in. „ Krzyż ukochał, dlatego na grobie mu krzyż postawiono. Odprawiałem już dużo pogrzebów, takiego jednak bez zmarłego jeszcze nie odprawiałem”.
Parafia pw. św. Józefa w Rudzie Śląskiej była jedyną, w której posługiwał ks. Jan Macha. Był tam wikarym przez dwa lata, od września 1939 r. do aresztowania we wrześniu 1941 r.
Kościół pw. św. Marii Magdaleny w Chorzowie Starym w którym ks. Jan Macha był ochrzczony i tutaj odprawił swą Mszę św. prymicyjną po święceniach kapłańskich.
Święcenia kapłańskie otrzymał z rąk biskupa katowickiego Stanisława Adamskiego w konkatedrze pw. św. Apostołów Piotra i Pawła w Katowicach 25 czerwca 1939 r. Był jednym z 31 neoprezbiterów, ostatniego rocznika śląskich kapłanów wyświęconych przed wybuchem wojny.
Został osadzony w Tymczasowym Więzieniu Policyjnym w Mysłowicach (Ersatz-Polizei Gefängnis Myslowitz), gdzie siedział w strasznych warunkach, poniżany i torturowany do listopada 1941 r. Więzienie po wojnie było wykorzystywane przez komunistów. Później zostało zlikwidowane. Ofiary obu totalitaryzmów upamiętnia obelisk i tablica pamiątkowa.
Jego proces odbył się 17 lipca 1942 r. w Sali nr 89 w Sądzie Okręgowym w Katowicach. Akt oskarżenia opierał się na zeznaniach jego byłego dowódcy Ksawerego Lazara, złamanego w czasie śledztwa przez gestapo oraz dwóch funkcjonariuszy prowadzących śledztwo, starszych asystentów kryminalnych Baucha i Gawlika oraz notatnika zatrzymanego w czasie aresztowania ks. Machy.