W czerwcu 1942 r., kiedy zbliżał się termin jego procesu przed Wyższym Sądem Krajowym w Katowicach został przeniesiony do więzienia w Katowicach, gdzie oczekiwał na proces, a później na wykonanie wyroku.
Kolejnym miejscem uwięzienia ks. Jana Machy był Areszt Śledczy w Mysłowicach, gdzie przebywał od listopada 1941 r. do czerwca 1942 r.
Ks. Jan Macha został aresztowany przez gestapo 5 września 1941 r. na peronie dworca kolejowego w Katowicach. Prawdopodobnie był jednak obserwowany przez gestapo już od grudnia 1940 r.