W 1934 r. rozpoczął studia na Wydziale Teologicznym Uniwersytetu Jagiellońskiego. Na studiach dał się poznać jako bardzo aktywny kleryk. Należał do studenckiego „Bratniaka” i Arcybractwa Straży Honorowej. Gdy biskup katowicki Stanisław Adamski zaczął propagować idee Akcji Katolickiej Jan Macha należał do pierwszych, którzy się w to dzieło angażowali. Znany był z otwartości na sprawy społeczne. Duży wpływ na późniejsze kapłaństwo ks. Jana miał ks. Stefan Szwajnoch – proboszcz jego rodzinnej parafii św. Marii Magdaleny w latach 1925-1938.
Ks. Jan Macha święcenia kapłańskie otrzymał 25 czerwca 1939 roku z rąk biskupa Stanisława Adamskiego w kościele św. Apostołów Piotra i Pawła w Katowicach. W kazaniu skierowanym do neoprezbiterów oraz uczestników uroczystości Biskup Katowicki powiedział m.in. słowa, które zapowiadały nadejście tragicznych czasów i przygotowywały młodych kapłanów na dramatyczną próbę, przed jaką wkrótce staną. „Ciężkie chmury zbierają się na niebie naszego życia. Kapłan musi być gotowy na wzór Mistrza życie oddać za owieczki swoje. Stuła w formie krzyża ma przypomnieć, żeś zdecydował się na całkowitą ofiarę w służbie Bogu i bliźnim.”
Dla ks. Machy utrata niepodległości i zetkniecie się z okrucieństwem niemieckiej polityki okupacyjnej było wstrząsem. Podczas odwiedzin kolędowych na przełomie 1939 i 1940 spotkał się wieloma rodzinami, których mężowie, ojcowie i synowie zostali aresztowani, rozstrzelani lub wywiezieni do obozów koncentracyjnych. Żyli w strachu, biedzie i osamotnieniu. Zdecydował organizować dla nich pomoc materialną oraz wsparcie duchowe. W Rudzie Śląskiej od jesieni 1939 r. działała tajna organizacja, będąca później częścią Służby Zwycięstwu Polsce przekształconej w Związek Walki Zbrojnej. Nawiązał z nią kontakt i został zaprzysiężony. Został komendantem grupy składającej się ze studentów i harcerzy z Rudy Śląskiej i okolic. Placówka miała konspiracyjny kryptonim „Konwalia”. Zajmowała się zbieraniem informacji, działaniami propagandowymi oraz organizacją pomocy charytatywnej. Ks. Macha jako sprawę priorytetową traktował prowadzenie działalności charytatywnej w ramach sekcji "Opieki Społecznej". Jak się szacuje, działało w tym konspiracyjnym środowisku blisko 4 tys. osób. Bliskimi współpracownikami ks. Jana Machy byli m.in.: kleryk Joachim Gürtler, Teodor Tkocz, Joachim Achtelik, Alfred Musioł, Mikołaj Mroczek, Karol Latoszka, Edmund Kokot, Leon Rydrych, Stefan i Józef Gürtlerowie i wielu innych. Ich zebrania odbywały się w prywatnych mieszkaniach oraz na rudzkim probostwie. Prawdopodobnie gestapo udało się wprowadzić do tej grupy swego agenta, który pomógł w rozpracowaniu całej siatki ks. Machy.
Obszerny wybór dokumentów dotyczący Sługi Bożego ks. Jana Machy został zgromadzony w czasie procesu beatyfikacyjnego przez ks. dr. hab. Damiana Bednarskiego, promotora procesu beatyfikacyjnego na szczeblu diecezjalnym i rzymskim. Składa się z dokumentacji przechowywanej z wielkim pietyzmem na probostwie oraz dokumentów zgromadzonych i wytworzonych przez inne instytucje, m.in. Oddziałową Komisję Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu w Katowicach. Zajmowała się ona postacią ks. Jana Machy w śledztwie nr S 29/14/Zn w sprawie zbrodni sądowej popełnionej przez niemiecki sąd krajowy w Katowicach m.in. na ks. Janie Macha, kleryku Joachimie Gürtlerze i Leonie Rydrychu. W skład tej kolekcji wchodzą zarówno zdjęcia pochodzące z życia Sługi Bożego, jak i dokumenty z nim związane, wytworzone przez różne instytucje. Szczególne miejsce w tej dokumentacji zajmuje rękopis ostatniego listu ks. Jana Machy, wysłany do rodziny 2 grudnia 1942 r. kilka godzin przed śmiercią z więzienia w Katowicach.
Kolejnym miejscem uwięzienia ks. Jana Machy był Areszt Śledczy w Mysłowicach, gdzie przebywał od listopada 1941 r. do czerwca 1942 r.
W czerwcu 1942 r., kiedy zbliżał się termin jego procesu przed Wyższym Sądem Krajowym w Katowicach został przeniesiony do więzienia w Katowicach, gdzie oczekiwał na proces, a później na wykonanie wyroku.
Dom rodzinny ks. Jana Machy w Chorzowie Starym przy ul. Bożogrobców 44.
3 grudnia 1942 r. krótko po północy ks. Jan Macha został ścięty na gilotynie w katowickim więzieniu. Odprowadzający go na śmierć przez podwórko więzienne kapelan więzienny ks. Joachim Besler zanotował „ podniósł po raz ostatni oczy ku niebu gwiaździstym i znikł w drzwiach kaźni śmierci”. Obecnie gilotyna jest eksponowana na wystawie w Muzeum Śląskim w Katowicach.
Symboliczna mogiła ks. Jana Machy powstała w 1951 r. na cmentarzu w Chorzowie Starym z inicjatywy jego przyjaciół kapłanów. W czasie uroczystości ks. kanonik Augustyn Koźlik powiedział m.in. „ Krzyż ukochał, dlatego na grobie mu krzyż postawiono. Odprawiałem już dużo pogrzebów, takiego jednak bez zmarłego jeszcze nie odprawiałem”.
Parafia pw. św. Józefa w Rudzie Śląskiej była jedyną, w której posługiwał ks. Jan Macha. Był tam wikarym przez dwa lata, od września 1939 r. do aresztowania we wrześniu 1941 r.